BPN leży w północno - wschodniej Polsce na obszarze od 52°21' do 53°41' szerokości geograficznej północnej i od 22°28' do 23°32' długości geograficznej wschodniej. Bagna zajmują obszar około 90.000 ha. Jest to największy po zmeliorowaniu bagien Polesia obszar bagienny w Europie Środkowej. Kotlina Biebrzańska zajmuje powierzchnię ponad 2000 km² . W jej przebiegu można wyróżnić cztery wyraźne rozszerzenia - baseny. Są to: Basen Północny, Basen Środkowy, Basen Południowy oraz Basen Wizny.